1、国外入账问题
根据《中华人民共公司注册和国管理公司注册办法》（中华人民共和国财政部令第6号）文件的规定：单位和个人从中国境外取得的与纳税有关的或者凭证，税务机关在纳税审查时有疑义的，可以公司注册要求其提供境外公证机构或注册会计师的确认证明，经税务机关审核认可后，方可作为记账核算的凭证。
2、善意取得大头小尾的正确处理
纳税人有真实交易、善意取得“大头小尾"的，如果开公司注册票方纳税人所在地主管税务机关回函证明，该确属开票公司注册方自发售税务机关购买，且购票方、开具方、业务交易、收款属于同一方，实际交易金额与上所列金额一致的，其取得的准予作为税前扣除的凭据。
3、货物品种较多时的开具办法
一般纳税人销售货物或者提供应税劳务公司注册可汇总开具专用。汇总开具专用的，同时使用防伪税控系统开具《销售货物或者提供应税劳务清单》，并加盖财务专用章或者专用章。
4、没有税前扣除的问题
会计上很多企业有无据支出证明入账公司注册，但税务规定：企业实际发生的与取得收入有关的、合理的支出，包括成本、费用、税金、损失和其他支出，准予在计算应纳税所得额时扣除比如法院判决企业支付赔偿金，企业可凭法院的判决文书与收款方开具的收据作为扣除凭据，但买东西等没有，会计可以入账，税务不承认。
5、旅行社开具的风险问题
很多企业出国考察，需要旅行社公司注册提供，到底有没有风险呢，税务上风险小，如纳税人发生出国考察支出，主管公司注册税务机关要求提供证明资料的，应能够提供证明其真实性的合法凭证，否则，不得在税前扣除。证明材料应包括：考察人员姓名、地点、时间、任务、支付凭证等。但工商局现在关注，所以不要出现商业贿赂就可以。
6、专用和普通丢失要不要登报说明
根据《中华人民共和国管理办法实施细则》第四十一条规定，使用的单位和个人应当妥善保管，不得丢失。丢失，应于丢失当日书面报告主管税务机关，并在报刊和电视等传播媒介上公告声明作废。
根据《国家税务总局关于被盗、丢失增值税专用的处理意见的通知》（国税函[1995]292号）第二项规定，为便于各地税务机关、纳税人对照查找被盗、丢失的专用，减轻各地税务机关相互之间传（寄）专用遗失通报的工作量，对发生被盗、丢失专用的纳税人，必须要求统一在《中国税务报》上刊登“遗失声明”。
第三项规定，纳税人丢失专用后，必须公司注册按规定程序向当地主管税务机关、公安机关报失。各地税务机关对丢失专用的纳税人按规定进行处罚的同时，代收取“挂失登报费”，并将丢失专用的纳税人名称、份数、字轨号码、盖章与否等情况，统一传（寄）中国税务报社刊登“遗失声明”。传（寄）中国税务报社的“遗失声传（寄）中国税务报社的”遗失声明“，必须经县（市）国家税务机关审公司注册核盖章、签注意见。
因此，增值税专用丢失，必须在《中国税务报》上刊登“遗失声明”。而普通丢失，在日常税务管理公司注册中，对开具单位应按《中华人民共和国管理办法实施细则》第四十一条的规定在报刊或电视等传播媒介上公告声明作废。即普通丢失，也可在电视等传播媒介上公告。